Nhiều doanh nghiệp hiện nay sử dụng hóa đơn điện tử nhưng vẫn gặp sai sót trong quá trình xuất và quản lý hóa đơn. Các lỗi như xuất sai thời điểm, sai thông tin hoặc sử dụng hóa đơn từ doanh nghiệp rủi ro có thể khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế, phạt chậm nộp và mất quyền Khấu trừ thuế GTGT.
Dưới đây là 3 lỗi liên quan hóa đơn điện tử khiến doanh nghiệp bị truy thu phổ biến và cách hạn chế rủi ro khi kê khai thuế. Mời quý độc giả cùng theo dõi với Sabay nhé!
Hóa đơn điện tử là gì?
Hóa đơn điện tử là loại hóa đơn được tạo, lập, ký số, gửi, nhận và lưu trữ bằng phương tiện điện tử theo quy định của pháp luật thuế. Hóa đơn được thể hiện dưới dạng dữ liệu điện tử thay vì bản giấy truyền thống. Doanh nghiệp sử dụng hệ thống hóa đơn điện tử để xuất hóa đơn bán hàng, cung cấp dịch vụ và gửi dữ liệu đến cơ quan thuế.

Theo Thông tư 78 Nghị định 123, hầu hết doanh nghiệp tại Việt Nam hiện nay phải sử dụng Hóa đơn điện tử có mã hoặc không có mã của cơ quan thuế. Khi phát hành hóa đơn, doanh nghiệp cần có:
- Chữ ký số doanh nghiệp
- Token chữ ký số
- Phần mềm hóa đơn
- Kết nối với Tổng cục Thuế
- Thực hiện Thông báo phát hành hóa đơn theo quy định
Một hóa đơn điện tử hợp lệ thường bao gồm:
| Thành phần | Nội dung |
| Thông tin người bán | Tên công ty, mã số thuế, địa chỉ |
| Thông tin người mua | Tên đơn vị, MST, địa chỉ |
| Mã cơ quan thuế | Áp dụng với hóa đơn có mã |
| Thuế suất | Thuế GTGT theo quy định |
| Chữ ký số | Xác thực tính pháp lý |
| Định dạng dữ liệu | Định dạng XML hóa đơn |
3 lỗi hóa đơn điện tử phổ biến nhất khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế
Hiện nay, nhiều doanh nghiệp bị cơ quan thuế kiểm tra và truy thu do sai sót trong quá trình sử dụng hóa đơn điện tử. Phần lớn lỗi phát sinh từ việc lập hóa đơn sai thời điểm, sai thông tin hoặc sử dụng hóa đơn từ doanh nghiệp có rủi ro cao. Đây cũng là nhóm lỗi được cơ quan thuế kiểm tra thường xuyên thông qua dữ liệu từ hệ thống hóa đơn điện tử và công cụ tra cứu hóa đơn điện tử tổng cục thuế.
Theo quy định tại Thông tư 78 Nghị định 123, doanh nghiệp phải đảm bảo hóa đơn được lập đúng thời điểm, đúng nội dung và đúng quy trình phát hành. Nếu vi phạm, doanh nghiệp có thể:
- Bị truy thu thuế
- Không được Khấu trừ thuế GTGT
- Bị loại chi phí hợp lệ
- Bị xử phạt hành chính
- Bị đưa vào danh sách doanh nghiệp rủi ro
Nhiều trường hợp doanh nghiệp đã có:
- Chữ ký số doanh nghiệp
- Token chữ ký số
- Phần mềm hóa đơn
- Phần mềm kế toán
nhưng vẫn bị xử phạt do quy trình kiểm tra nội bộ chưa chặt chẽ.
Dưới đây là 3 lỗi liên quan hóa đơn điện tử khiến doanh nghiệp bị truy thu phổ biến nhất hiện nay:
Lập sai thời điểm xuất hóa đơn
ập hóa đơn sai thời điểm là lỗi phổ biến nhất khi sử dụng Hóa đơn điện tử. Nhiều doanh nghiệp xuất hóa đơn chậm hơn ngày nghiệm thu, ngày bàn giao hàng hoặc ngày hoàn thành dịch vụ. Sai sót này làm ảnh hưởng trực tiếp đến thời điểm kê khai Thuế giá trị gia tăng.
Ví dụ:
- Hàng hóa đã giao ngày 10 nhưng đến ngày 20 mới xuất hóa đơn
- Dịch vụ hoàn thành trong tháng trước nhưng hóa đơn xuất sang tháng sau
- Đã thu tiền đặt cọc nhưng chưa lập hóa đơn theo quy định
Khi cơ quan thuế kiểm tra dữ liệu từ:
- Hợp đồng
- Phiếu giao hàng
- Biên bản nghiệm thu
- Sao kê ngân hàng
- Định dạng XML hóa đơn
doanh nghiệp rất dễ bị phát hiện chênh lệch thời gian.

Sai sót về thuế suất và thông tin thanh toán
Sai thuế suất hoặc sai thông tin thanh toán là lỗi thường gặp trong quá trình lập hóa đơn điện tử. Nhiều doanh nghiệp áp sai mức thuế GTGT hoặc nhập sai số tài khoản ngân hàng, hình thức thanh toán và thông tin người mua.
Một số lỗi phổ biến gồm:
- Áp sai thuế suất 0%, 5%, 8%, 10%
- Sai tên công ty hoặc mã số thuế
- Sai số tiền trước thuế và sau thuế
- Thiếu thông tin thanh toán chuyển khoản
- Xuất sai tên hàng hóa dịch vụ
Các lỗi này ảnh hưởng trực tiếp đến quyền:
- Khấu trừ thuế GTGT
- Hạch toán chi phí
- Quyết toán thuế doanh nghiệp
Trong nhiều trường hợp, hóa đơn vẫn tồn tại trên hệ thống hóa đơn điện tử nhưng bị xem là không hợp lệ khi đối chiếu hồ sơ.
Sử dụng hóa đơn của doanh nghiệp có rủi ro cao
Đây là lỗi khiến nhiều doanh nghiệp bị truy thu dù không trực tiếp lập sai hóa đơn. Trong nhiều trường hợp, doanh nghiệp mua hàng từ nhà cung cấp có dấu hiệu:
- Bỏ địa chỉ kinh doanh
- Ngừng hoạt động
- Không kê khai thuế
- Phát hành hóa đơn bất thường
Khi đó, hóa đơn đầu vào có thể bị xem là không đủ điều kiện để:
- Khấu trừ VAT
- Tính chi phí hợp lệ
- Hoàn thuế
>>> Xem thêm: CCO là gì? Vai trò chức danh của CCO trong doanh nghiệp
Rủi ro khi bị truy thu do hóa đơn sai
Việc xuất hóa đơn sai không chỉ khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến tài chính, vận hành và uy tín kinh doanh. Dưới đây là những rủi ro phổ biến doanh nghiệp thường gặp:
- Bị xử phạt tài chính: Doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế GTGT, thuế TNDN, kèm tiền phạt và tiền chậm nộp. Tổng số tiền phải nộp có thể tăng cao nếu sai sót kéo dài qua nhiều kỳ.
- Bị kiểm tra lại nhiều năm: Khi phát hiện sai phạm, cơ quan thuế có thể rà soát toàn bộ hồ sơ kế toán, hóa đơn và kê khai của các năm trước. Điều này làm tăng nguy cơ phát sinh thêm sai sót và chi phí truy thu.
- Ảnh hưởng công việc kế toán – kiểm toán: Kế toán phải kiểm tra lại chứng từ, hợp đồng, hóa đơn và dữ liệu kê khai. Quá trình này mất nhiều thời gian và dễ ảnh hưởng đến tiến độ báo cáo tài chính.
- Giảm uy tín với đối tác: Doanh nghiệp có lịch sử vi phạm thuế thường gặp khó khi làm việc với ngân hàng, nhà đầu tư hoặc đối tác lớn do bị đánh giá rủi ro cao.
- Bị đưa vào diện theo dõi rủi ro: Sau khi bị phát hiện sai sót, doanh nghiệp có thể bị cơ quan thuế tăng tần suất thanh tra, kiểm tra định kỳ và giám sát chặt hơn khi sử dụng hóa đơn điện tử.
- Ảnh hưởng kế hoạch mở rộng kinh doanh: Các hoạt động như vay vốn, mở chi nhánh, nhượng quyền hoặc gọi vốn đầu tư có thể bị chậm nếu hệ thống tài chính – kế toán chưa minh bạch.
- Phát sinh rủi ro pháp lý: Trường hợp sai phạm nghiêm trọng hoặc có dấu hiệu trốn thuế, doanh nghiệp có thể bị xử lý theo quy định pháp luật.

Vì vậy, doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm tra hóa đơn chặt chẽ, đối chiếu dữ liệu thường xuyên và sử dụng phần mềm hỗ trợ phù hợp để giảm rủi ro bị truy thu thuế.
Những câu hỏi liên quan đến xuất hóa đơn
1. Xuất hóa đơn sai có bị truy thu thuế không?
Có. Doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế nếu xuất hóa đơn điện tử sai quy định và làm ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế.
2. Những lỗi phổ biến khi xuất hóa đơn dẫn đến bị truy thu là gì?
Nhiều doanh nghiệp bị truy thu do các lỗi phổ biến sau:
- Lập hóa đơn sai thời điểm
- Sai mã số thuế khách hàng
- Sai thuế suất VAT
- Không cập nhật thay đổi địa chỉ trên hóa đơn điện tử
- Sử dụng hóa đơn từ doanh nghiệp rủi ro

3. Truy thu thuế do sai hóa đơn bị phạt bao nhiêu?
Mức phạt phụ thuộc vào:
- Loại sai phạm
- Số tiền thuế thiếu
- Thời gian chậm nộp
- Mức độ vi phạm
Thông thường, doanh nghiệp có thể bị:
- Truy thu số thuế thiếu
- Phạt kê khai sai
- Tính tiền chậm nộp theo ngày
- Xử phạt hành chính về hóa đơn
Nếu sai phạm nghiêm trọng hoặc có dấu hiệu trốn thuế, doanh nghiệp có thể bị thanh tra chuyên sâu.
4. Làm sao để hạn chế bị truy thu do sai sót hóa đơn?
Doanh nghiệp có thể giảm rủi ro bằng cách xây dựng quy trình kiểm tra hóa đơn trước khi kê khai thuế.
Các bước nên thực hiện:
- Kiểm tra thông tin khách hàng trước khi xuất hóa đơn
- Kiểm tra VAT và thời điểm lập hóa đơn
- Đối chiếu dữ liệu trên Phần mềm kế toán
- Thực hiện tra cứu hóa đơn điện tử định kỳ
- Kiểm tra file Định dạng XML hóa đơn
Ngoài ra, doanh nghiệp cần:
- Lưu hợp đồng và chứng từ thanh toán
- Kiểm tra nhà cung cấp trước giao dịch
- Đối chiếu dữ liệu VAT hàng tháng
Việc kiểm tra định kỳ giúp doanh nghiệp phát hiện sớm sai sót trước khi cơ quan thuế thanh tra.
5. Phần mềm nào giúp kiểm soát rủi ro hóa đơn hiệu quả?
Hiện nay, nhiều doanh nghiệp sử dụng:
- Phần mềm hóa đơn
- Phần mềm kế toán
- Hệ thống quản lý dữ liệu VAT
để kiểm soát rủi ro liên quan đến hóa đơn.
Việc sử dụng phần mềm phù hợp giúp doanh nghiệp giảm sai sót, kiểm soát dữ liệu tốt hơn và hạn chế nguy cơ bị truy thu thuế.
Các lỗi hóa đơn đầu vào khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế
Hóa đơn đầu vào là căn cứ quan trọng để doanh nghiệp kê khai chi phí và Khấu trừ thuế GTGT. Tuy nhiên, nhiều doanh nghiệp vẫn bị truy thu do sử dụng hóa đơn không hợp lệ, sai thông tin hoặc phát sinh từ nhà cung cấp có rủi ro thuế cao. Đây cũng là một phần trong nhóm 3 lỗi liên quan hóa đơn điện tử khiến doanh nghiệp bị truy thu phổ biến hiện nay.
Theo quy định tại Thông tư 78 Nghị định 123, doanh nghiệp phải lưu trữ đầy đủ chứng từ, kiểm tra tính hợp lệ của hóa đơn điện tử và đảm bảo giao dịch phát sinh thực tế.
Có 3 lỗi hóa đơn đầu vào khiến doanh nghiệp bị truy thu thuế, bao gồm:
Hóa đơn có nhưng không đủ điều kiện khấu trừ/đưa chi phí
Nhiều doanh nghiệp có đầy đủ hóa đơn nhưng vẫn bị loại chi phí hoặc không được Khấu trừ thuế GTGT do hồ sơ không đáp ứng điều kiện theo quy định.
Một số trường hợp phổ biến gồm:
- Không có chứng từ thanh toán chuyển khoản với hóa đơn trên 20 triệu
- Không có hợp đồng hoặc biên bản nghiệm thu
- Không chứng minh được giao dịch thực tế
- Hàng hóa không phục vụ hoạt động kinh doanh
- Hóa đơn phát sinh sau thời điểm doanh nghiệp ngừng hoạt động
Sai/thiếu thông tin trên hóa đơn điện tử
Sai thông tin trên Hóa đơn điện tử là lỗi rất phổ biến tại nhiều doanh nghiệp. Một số lỗi nhỏ vẫn có thể khiến hóa đơn bị đánh giá không hợp lệ khi cơ quan thuế kiểm tra.
Các lỗi thường gặp gồm:
- Sai tên công ty
- Sai mã số thuế
- Sai địa chỉ doanh nghiệp
- Sai thuế suất VAT
- Thiếu chữ ký số
- Sai ngày lập hóa đơn
Đặc biệt, nhiều doanh nghiệp quên cập nhật thông tin sau khi:
- Đổi địa chỉ công ty
- Thay đổi tên doanh nghiệp
- Thay đổi thông tin đăng ký thuế
Khi đó, hóa đơn phát hành có thể bị sai dữ liệu đăng ký với cơ quan thuế. Đây là lỗi thường gặp liên quan đến thay đổi địa chỉ trên hóa đơn điện tử.

Nhà cung cấp rủi ro
Nhiều doanh nghiệp bị truy thu thuế dù bản thân không trực tiếp lập sai hóa đơn. Nguyên nhân đến từ việc nhận hóa đơn đầu vào từ nhà cung cấp có rủi ro cao.
Một số dấu hiệu phổ biến gồm:
- Doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh
- Ngừng hoạt động nhưng vẫn xuất hóa đơn
- Không kê khai thuế
- Có dấu hiệu mua bán hóa đơn
- Xuất hóa đơn giá trị lớn bất thường
Khi doanh nghiệp kê khai VAT đầu vào từ các đơn vị này, cơ quan thuế có thể đánh giá hóa đơn không hợp lệ.
>>> Xem thêm: Chi phí nào không được trừ khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp?
Kết
Sai sót khi sử dụng Hóa đơn điện tử có thể ảnh hưởng đến chi phí, thuế và hoạt động doanh nghiệp. Vì vậy, doanh nghiệp nên kiểm tra dữ liệu thường xuyên, lưu đầy đủ chứng từ và sử dụng Phần mềm hóa đơn phù hợp để hạn chế rủi ro bị truy thu thuế.
Đừng quên theo dõi Sabay để cập nhật các tin tức hữu ích bạn nhé!
SABAY – ĐỒNG HÀNH BAY XA
Hotline: 093 179 1122
Trụ sở: 99 Cộng Hòa, P. Tân Sơn Nhất, TP. HCM


